Trung tâm Hỗ trợ thanh thiếu nhi Việt Nam tổ chức hoạt động theo mô hình Ban Giám đốc và các đơn vị trực thuộc, bảo đảm sự chỉ đạo, điều hành thống nhất. Các bộ phận phối hợp thực hiện nhiệm vụ hỗ trợ, giáo dục, rèn luyện kỹ năng và tổ chức hoạt động dành cho thanh thiếu nhi. Cơ cấu này góp phần nâng cao hiệu quả quản lý, phát huy nguồn lực và đáp ứng nhu cầu phát triển của thanh thiếu nhi.
Tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm:
- Giám đốc
- Các Phó giám đốc
- Văn phòng
- Phòng Tài chính – Kế toán
- Phòng Hỗ trợ Khởi nghiệp, lập nghiệp
- Phòng Kỹ năng, Thể thao và Văn hóa
- Phòng Dịch vụ
- Phòng Hợp tác Quốc tế
